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L'histoire se passe une vingtaine d'années après les aventures de SG-1. La nouvelle équipe est composée du Major Gus Bonner, de sa nièce Stacey experte en arts martiaux, d'Ec'co mécanicien hors pair, de Seattle une jeune indienne qui peut lire dans les pensées et de l'inexpérimenté RJ Harrison, aussi indiscipliné que courageux. Le vétéran va donc devoir encadrer les quatre jeunes cadets issus du Stargate Command. Accusé de haute trahison, le Major Bonner veut rétablir la vérité. Parmi les missions de cette nouvelle équipe, la protection de Draga, une créature extraterrestre, unique descendante de la race des Ancêtres, ceux-la mêmes qui ont créé les Stargates.